Bulk конвертиране на DICOM изображения към JPG? [РЕШЕНА]

[Валсо]

Инсталирах dcmtk от AUR, както на няколко места съветват, обаче нещо не мога да го накарам да конвертира DICOM изображения (обикновено са снимки от рентген, скенер, даже и от ехография) в JPG. DICOM файловете са около 500, така че е абсурд да си играя да ги конвертирам един по един!

Този скрипт би трябвало да конвертира насипно:

Код за потвърждение: Избери целия код

for name in *.dcm; 
do 
    newname=$(echo "$name" | rev | cut -f 2- -d '.' | rev)
    dcmj2pnm --write-jpeg --min-max-window "$name".dcm "$newname".jpg;
done

Обаче като пусна в директорията, където са DICOM файловете (които са в DCM формат), връща тази грешка:

Код за потвърждение: Избери целия код

F: No such file or directory: reading file: 132.dcm.dcm
F: No such file or directory: reading file: 133.dcm.dcm
F: No such file or directory: reading file: 134.dcm.dcm
F: No such file or directory: reading file: 135.dcm.dcm
F: No such file or directory: reading file: 136.dcm.dcm
F: No such file or directory: reading file: 137.dcm.dcm

и т.н. за всички файлове чак до последния номер.

Няк'ви идеи защо търси .dcm.dcm? Пробвах да махна .dcm след "$name" малко преди края на командата, но пак връща същата грешка.

С подобен скрипт си конвертирам насипно FLAC към WAV и работи перфектно, така че нещо в командата има проблем, но не знам какъв. В нета един пише, че при него "--write-jpeg name.dcm name.jpg" е свършило работа, но ги няма метаданните, които обикновено ги пишат върху рентгеновите снимки. Обаче при мен дори и това не върши работа.

Чудя се да не би да е, защото имената на файловете са цифри? 1.dcm, 2.dcm и т.н. чак до 500.dcm.

[Zeroadhesion]

Няк'ви идеи защо търси .dcm.dcm? Пробвах да махна .dcm след "$name" малко преди края на командата, но пак връща същата грешка.

Не ти вярвам, трябва да работи така.

Код за потвърждение: Избери целия код

for name in *.dcm;
do
    newname=$(echo "$name" | rev | cut -f 2- -d '.' | rev)
    dcmj2pnm --write-jpeg --min-max-window "$name" "$newname".jpg;
done

[Валсо]

Сработи чак, когато добавих --verbose. Без него - не ще и не ще. Go figure.
Може би, макар да не съм сигурен, инструментът да си иска някакъв минимален брой флагове/опции преди частта с "източник" "цел" и затова да не става.

[бат-начо]

По тая логика, би ставало и с "форсе".

[Zeroadhesion]

По тая логика, би ставало и с "форсе".

Явно още не си помъдрял и му вярваш какво говори - специално съм свалил dcmtk преди да си напиша коментара, за да тествам и работи всичко без verbose.

[Валсо]

Явно още не си помъдрял и му вярваш какво говори - специално съм свалил dcmtk преди да си напиша коментара, за да тествам и работи всичко без verbose.

Кое си свалил - dcmtk ili dcmtk-git?

[Fernando Sucre]

Инсталирах dcmtk от AUR, както на няколко места съветват, обаче нещо не мога да го накарам да конвертира DICOM изображения (обикновено са снимки от рентген, скенер, даже и от ехография) в JPG. DICOM файловете са около 500, така че е абсурд да си играя да ги конвертирам един по един!
.....
Чудя се да не би да е, защото имената на файловете са цифри? 1.dcm, 2.dcm и т.н. чак до 500.dcm.

Ако е възможно, избягвай лоси компресията. JPG размива ръбовете, а точно те са важни за докторите. Поне PNG опитай, ако размера на файловете не пречи.

Да не би да трябва без разширението да подадеш файла към програмата (което би било много тъпо)!?

....
Кое си свалил - dcmtk ili dcmtk-git?

Никога не ползвай междинни версии (Git), освен ако или е абсолютно необходимо, или е маловажно!

[Zeroadhesion]

Явно още не си помъдрял и му вярваш какво говори - специално съм свалил dcmtk преди да си напиша коментара, за да тествам и работи всичко без verbose.

Кое си свалил - dcmtk ili dcmtk-git?

dcmtk

[beggginer]

Инсталирай Windows и ги конвертирай с IrfanView

[Mozo]

Няма нужда от Windows

[Валсо]

Инсталирай Windows и ги конвертирай с IrfanView

Много се съмнявам, че IrfanView ще ги разпознае. Плюс това някои DICOM файлове дори нямат и разширение, та трябваше да модифицирам скрипта и за тези случаи. А IrfanView е бозаджийска история и ако няма разширение, гледа умно.

А иначе IrfanView си го имам в контекстното меню на изображения (Open with...), но пак казвам - съмнявам се, че ще стане с него.